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Naima EDDAOUDI a soutenu sa thèse le 17 mars 2023 sur le sujet suivant : La liberté de religion et de conscience en Tunisie post-2011 (sous la direction de Marie-José Domestici-Met, Professeure émérite à l’Université d’Aix-Marseille et la co-direction d'Odina Benoist, Maitre de conférences HDR à l'Université d’Aix-Marseille). Pendant son doctorat, elle a été accueillie en 2017 par l’Institut de Recherche sur Maghreb Contemporain (IRMC) de Tunis, dans le cadre d’une bourse de mobilité internationale.

Ses domaines de recherche recouvrent les droits de l’homme en général, et les questions liées aux discriminations en particulier (axes 3 Institutions politiques et démocratie et 4 État de droit, droits fondamentaux).